В Drupal 7 при ручном запуске из админки крон всегда переключается на анонима (user 0 то есть). Это нужно, чтобы, например, в поисковый индекс не попадали материалы, которые видны админам. В общем, без привилегий крон запускается.
А вот модуль Elysia cron если видит, что крон запускается вручную, начинает проверять у текущего юзера (то есть, анонима) право Execute elysia cron jobs и если такого нет, ничего не делает. На мой взгляд это совершенно контринтуитивно — проверять у заведомого анонима наличие таких пермишнов. И когда заранее не знаешь, может немало времени при отладке съесть, пока поймешь, почему у тебя ручной запуск крона ничего не делает.
